Ο Γιάννης Φ. Ιωαννίδης είναι Α' Αντιπρόεδρος της Ελληνικής Ένωσης για τα Δικαιώματα του Ανθρώπου και Α’ Αντιπρόεδρος της Εθνικής Επιτροπής για τα Δικαιώματα του Ανθρώπου.
Δικηγόρος, με ειδίκευση σε υποθέσεις δημοσίου και ποινικού δικαίου.
Από τον Αύγουστο 2012 έως τον Φεβρουάριο 2015 διετέλεσε Γενικός Γραμματέας του Υπουργείου Εσωτερικών.
Κατά το χρονικό διάστημα από το Φεβρουάριο 2011 έως και τον Ιούλιο 2012 υπηρέτησε ως Γενικός Γραμματέας Διαφάνειας & Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων στο Υπουργείο Δικαιοσύνης.
Ήταν υπεύθυνος Γραφείου Νομικής Στήριξης του Κέντρου Θεραπείας Εξαρτημένων Ατόμων (ΚΕΘΕΑ) στην Αθήνα (2004-2010), Γραμματέας Δ.Σ. του «Ιατρικού Κέντρου Αποκατάστασης Θυμάτων Βασανιστηρίων» και μέλος της προσωρινής Διοικούσας Επιτροπής του παραρτήματος του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών και Μελετών «Ελευθέριος Κ. Βενιζέλος» στην Αθήνα.
Έχει συμμετάσχει, στην Ελλάδα και στο εξωτερικό, σε πληθώρα ημερίδων, συνεδρίων και επιμορφώσεων ως εισηγητής σε θέματα ανθρωπίνων δικαιωμάτων, μετανάστευσης, διοικητικής μεταρρύθμισης και αποκέντρωσης. Έχει δημοσιεύσει σειρά άρθρων σε επιστημονικά περιοδικά και τον ημερήσιο τύπο σχετικά με ζητήματα δημοσίου δικαίου και συνταγματικών ελευθεριών, καθώς και τη μονογραφία «Les privations de liberté au nom de l’ordre public» (Οι στερήσεις της ελευθερίας στο όνομα της δημόσιας τάξης), σε European public law series, Esperia publications ltd, London.
Σπούδασε στη Νομική Σχολή του Εθνικού & Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών, με μεταπτυχιακές σπουδές (DEA) στο Πανεπιστήμιο της Σορβόννης (Paris I Panthéon- Sorbonne), στο συνταγματικό δίκαιο και ατομικές ελευθερίες. Ομιλεί αγγλικά, γαλλικά και ισπανικά.