Ακρογωνιαίο λίθο της μεθοδολογίας του Μηχανισμού Καταγραφής αποτελεί ο ορισμός της άτυπης αναγκαστικής επιστροφής που έχει διαμορφωθεί σε κοινή διαβούλευση με τα Μέλη του Μηχανισμού Καταγραφής και έχει υιοθετηθεί από αυτά με την Ιδρυτική του Πράξη. Για τους σκοπούς του Μηχανισμού Καταγραφής, ως άτυπη αναγκαστική επιστροφή ορίζεται η άτυπη απέλαση, απομάκρυνση, 'επαναπροώθηση' ή επιστροφή, με συνοπτικές διαδικασίες εκτός νομικού πλαισίου, πολιτών τρίτων χωρών, συμπεριλαμβανομένων αιτούντων άσυλο και κατόχων τίτλων νόμιμης διαμονής στην Ελλάδα, από την Ελληνική επικράτεια, χωρίς εξατομικευμένη εξέταση αναγκών διεθνούς προστασίας ή άλλων και χωρίς τη δυνατότητα να προσφύγουν σε ένδικα μέσα, που μπορεί να οδηγήσει σε άμεση ή έμμεση παραβίαση της αρχής της μη επαναπροώθησης, σύμφωνα με τα οριζόμενα στη Σύμβαση της Γενεύης του 1951, του άρθρου 3 της Διεθνούς Σύμβασης Κατά των Βασανιστηρίων, του άρθρου 3 της Ευρωπαϊκής Σύμβασης για τα Δικαιώματα του Ανθρώπου, ή των αρχών του διεθνούς εθιμικού δικαίου.

Οι καταγραφές πραγματοποιούνται με προσωπικές συνεντεύξεις που διενεργούν οι καταγραφείς των Μελών με φερόμενα θύματα άτυπων αναγκαστικών επιστροφών, στην πλειονότητα των περιπτώσεων με την συνδρομή διερμηνέα γλωσσών αμοιβαίας κατανόησης. Ο Μηχανισμός Καταγραφής δεν καταγράφει στις Φόρμες Καταγραφής έμμεσες μαρτυρίες ή διηγήσεις ή ισχυρισμούς τρίτων προσώπων, ατόμων δηλαδή που δεν είναι θύματα άτυπης αναγκαστικής επιστροφής. Δυνητική εξαίρεση αποτελούν οι μαρτυρίες που λαμβάνονται από πρόσωπα που συνδέονται με το φερόμενο θύμα, αν το φερόμενο θύμα για λόγους ανωτέρας βίας (αφάνεια, αναγκαστική εξαφάνιση, φυλάκιση, σοβαρή ασθένεια ή θάνατος) δεν είναι σε θέση να δώσει το ίδιο τη μαρτυρία του. Απαραίτητη προϋπόθεση για να πραγματοποιηθεί η καταγραφή είναι η προηγούμενη γραπτή συναίνεση του φερόμενου θύματος που περιέχεται σε ειδική φόρμα που έχει αναπτύξει ο Μηχανισμός Καταγραφής, έπειτα από πλήρη ενημέρωση του φερόμενου θύματος σε γλώσσα που κατανοεί για το περιεχόμενό της, τους σκοπούς της συνέντευξης και τον τρόπο με τον οποίο θα χρησιμοποιηθούν τα προσωπικά του δεδομένα και η μαρτυρία του.

Οι μαρτυρίες καταγράφονται σε ενιαία Φόρμα Καταγραφής που έχει αναπτύξει ο Μηχανισμός Καταγραφής σε κοινή διαβούλευση με τα Μέλη του και την ΥΑ/ΟΗΕ. Η Φόρμα Καταγραφής, προκειμένου να ανταποκριθεί στις ανάγκες καταγραφής ενός αρκετά περίπλοκου φαινομένου με πολλά στάδια διαχείρισης, εκτείνεται σε αντίστοιχες ενότητες και τμήματα, τα οποία αναζητούν λεπτομέρειες και πληροφορίες για την ταυτότητα των φερόμενων δραστών, τους χώρους και τους χρόνους που αφορούν κάθε στάδιο του περιστατικού, από τον εντοπισμό στην ελληνική επικράτεια μέχρι και την τύχη του φερόμενου θύματος μετά την απομάκρυνσή του από αυτήν, και καταγράφουν τον τρόπο δράσης των φερόμενων δραστών. Τέλος, σε κάθε μαρτυρία, αποτυπώνεται η τυχόν επιθυμία του φερόμενου θύματος για περαιτέρω ενέργειες σχετικά με την υπόθεσή του, όπως για παράδειγμα, αν έχει προβεί ή αν επιθυμεί να προβεί σε καταγγελία.

Οι Φόρμες Καταγραφής υπόκεινται σε ποιοτικό έλεγχο από τον Μηχανισμό Καταγραφής. Ο ποιοτικός έλεγχος περιλαμβάνει έλεγχο για την πληρότητα της Φόρμας Καταγραφής, την ορθότητα της συμπλήρωσής της, και αν τα πραγματικά περιστατικά που αποτυπώνει ανταποκρίνονται στον ορισμό της άτυπης αναγκαστικής επιστροφής, όπως αποτυπώνεται στην Ιδρυτική Πράξη του Μηχανισμού Καταγραφής.